Some sequence of GCAT
Some other sequence of GCAT

Add spaces to the sequences:

1.  GCAT
2.  CATG   Score: 0

1.  GCAT_
2.  _CATG    Score: -1


1.  GCATGCATGCATGCATGCAT
2.  CATGCATGCATGCATGCATG   Score:0

1.  GCATGCATGCATGCATGCAT_
2.  _CATGCATGCATGCATGCATG  Score:15